大元朝经过忽必烈的励精图治，百姓逐渐安居乐业，整个社会一片欣欣向荣，但是这种情况到了1281年，因为一件事情急转直下。
这一年，察必皇后去世了。
察必皇后是忽必烈最宠爱的妻子，其对忽必烈的影响可以媲美唐朝长孙皇后，为忽必烈生长子真金，忽必烈称帝之后，封她为皇后，真金为太子，真金英年早逝，忽必烈又立其子为太子，可见她在忽必烈心中的地位之高。察必生性仁明，随事讽谏，多裨时政，史称"其性明敏，达于事机，国家初政，左右匡正，后有力焉"。
当年，在南宋末帝恭帝和全太后被押到大都的时候，忽必烈大宴群臣，并把搜罗来的奇珍异宝摆出来显摆，大家都很高兴，唯独察必皇后闷闷不乐，忽必烈奇怪，问：“现在南方总算平定了，以后子子孙孙都不用打仗了，你怎么还不高兴呢？”
察必皇后回答：“从古至今没有长盛不衰的王朝，将来我们的子孙不要沦落到这般境地才好。”由此可见，她是一个很有远见的人。
这话让忽必烈动容，忽必烈为了讨她欢心，让她在珠宝堆里选上几样，察必皇后拒绝了，忽必烈问缘由，察必皇后说：“南宋的皇帝给子孙留下这么多财富，而子孙守不住，这让我怎么敢拿呢？”
察必皇后进而还劝忽必烈道：“自古没有不会灭亡的国家，为什么要侮辱宋朝的亡国之君呢，如果到时候我们灭亡时候子孙不被侮辱，那才是值得庆幸的事。”这话是在变着法为南宋末帝求情，让忽必烈高抬贵手不要杀他们。
忽必烈采纳了察必皇后的建议，虽然没有放掉南宋末帝（后来宋恭帝见释放无望，就在西藏喇嘛教出家做了喇嘛，与元朝最后一帝之母还有不解之情），但是也没有过于为难，使他得以善终。岂不知正是因为察必皇后的善念，才使后来的明朝没对其子孙赶尽杀绝，果然是因果好轮回。
她的去世给忽必烈打击很大，临终前察必皇后要求将她葬在一处荒山之中，对此忽必烈很是不解，察必皇后说：“这地方未来会有皇帝给我看门。”
结果一语成谶，几百年后乾隆皇帝修建圆明园，挖到了察必皇后的陵墓墓碑，上书：不要动我，否则会动你。为此乾隆绕道以察必皇后的陵墓为中心修建了现在的圆明园（遗迹），并在察必皇后的陵墓之上修建了佛香阁，以此来纪念她。
就是这么一个伟大的女性去世，让忽必烈陷入深深的悲伤，再加上此时的忽必烈已经年近七十，各种疾病缠身，让他对于治理国家越来越觉得力不从心。
这个时候最早追随他的一大批汉族大臣相继去世，让他对繁琐的中原王朝治理国家之法越来越不感兴趣，转而重用阿合马，让他做了财税大臣，自此元朝国政急转直下。
阿合马原本是察必皇后的陪嫁奴隶，因为会理财而被忽必烈看重，不过这家伙由于是奴隶出身，因此做高官之后手段极其极端，且贪得无厌，是我国历史上有名的十大贪官之一。
阿合马上任之初，通过增加盐税，矿产开采收归国有等一系列措施，大大增加了元朝税收，以供应朝廷庞大的开支，深受忽必烈信任，逐渐官升宰相。
随着职务的提升，阿合马的野心逐渐暴露，对内他懵逼皇帝视听，打压对手，对外仗着权势，与不法商人勾结，放高利贷，肆意贪横，广树党羽，凡是依附他的人，升迁都非常快。
为了不让忽必烈对他起疑心，阿合马用美色、财货收买宫中贵人和王公大臣，宫中的女主人董必皇后就是他重点收买对象，察必皇后逝世后，董必被封为后，因忽必烈心灰意懒，这个女人频频干预朝政，大有以大妃掌控政权的意思，阿合马与她联手，趁忽必烈对中原文化逐渐疏远的机会，他大肆铲除异己，这种行为惹来江淮平章阿里伯、右丞燕帖木儿的反对，结果两人被阿合马罗织罪名杀害，朝廷上一时畏之如虎。
但是这并没有吓倒所有人，忽必烈身边的宿卫秦长卿为人正直，不怕得罪阿合马，向忽必烈进言说：“阿合马为政，擅权杀人，人人都很畏惧他，而不敢进言。现在到处弥漫着怨恨的气息。阿合马禁绝异议，阻塞忠言，就像秦朝的赵高。他肆意敛财，贪得的财物比皇家还要殷实，其人心怀觊觎就像汉朝的董卓。”
这话引起了忽必烈的重视，但是还没来得及让人去调查，就走漏了风声，被阿合马知道了，他以金钱开路，大搞舆论，反而诋毁中伤秦长卿是小人，被其杀害，自此朝中更没人敢说他坏话了。
阿合马的飞扬跋扈，引起了以真金太子为首的崇尚中原文化的一干大臣严重不满。于是他们串通道士李居寿劝说忽必烈：“皇太子春秋鼎盛，宜预国政。”忽必烈也正有此意，所以自此真金太子开始参与处理朝政。
为了锻炼太子，忽必烈下令：凡是中书省、枢密院、御史台及百司之事，都先上报真金后再奏闻他。
真金太子掌权之后，与阿合马和董必皇后为首的大臣尖锐对立，于是他们联手中伤太子。
自古道：间不离亲，但是皇帝和太子这对父子的关系向来都是一地鸡毛，再加上董必的枕头风实在厉害，导致忽必烈父子政见也愈来愈不同，忽必烈对真金太子的猜疑越来越重，这时候又有一个家伙站出来，上疏说皇帝年事已高，应该禅位给太子。
这家伙的奏章被御史台真金太子系的官员看到了，留中不发，并把这事告诉了真金太子，真金太子大恐，他太了解忽必烈了，虽然如今他年事渐高，疏于政务，疾病缠身，但是也还没有退休养老的打算，这个时候上这么一个奏折，不是想要我亲命吗？
谁知道御史台的那家伙办事不周密，结果这事被阿合马系官员答即古阿散知道了，并告诉了忽必烈，这下子可捅了马蜂窝了。
忽必烈听说居然有人要让自己提前退位让贤，这还了得，于是大怒，下令大宗正薛彻干彻查此事。
阿合马和董必皇后也抓住这个机会，大肆污蔑太子要造反，想取而代之，这事彻底惹怒了忽必烈，他下令免除了真金太子处理朝政的权力，同时命令中书省彻查此事，真金太子因此忧惧成疾，同年十二月十日病死。真金太死的英年早逝，让忽必烈心灰冷，更打乱了忽必烈的继承人计划，为大元朝之后不正常的皇权交替埋下了伏笔。
真金太子死后，其儿子铁穆耳被选定为忽必烈的继承人。
亲人的接二连三去世，病体的折磨，以及朝政的糜烂，让忽必烈更加颓废，他转而寻求更加穷奢极欲的生活，以此来寻求安慰和满足，而这更加剧了他的健康恶化和皇权旁落，整个国家被阿合马弄得乌烟瘴气，怨声载道。
同时醉生梦死的生活也在极大的损耗着忽必烈的生命。
阿合马的残暴行为惹来了天下人的不满，益州千户王著就是其中之一。
这王著虽然是个官员，但之前却是个侠客，和江湖豪杰多有往来，为人也是嫉恶如仇，再加上艺高人胆大，看到百姓在阿合马这种大贪官的剥削下生活疾苦，于是准备为民除害。
他先是秘密铸造了一个大铜锤，颇有工欲善其事必先利其器的意思，之后又联络武林同道高和尚等人，潜入大都准备伺机杀掉阿合马。
没让他们多等，机会很快就来了。
1282年3月，忽必烈巡幸上都，让阿合马留守大都，王著等人趁这个时候设计除掉了阿合马。
王著等人冒充皇太子的亲卫，打着护送皇太子回京参加佛事的幌子，让中书省为他们准备供奉神佛的物品，之后又让一个姓崔的太监假传皇太子的旨意，命令枢密副使张易派兵扈从，张易未觉察出异常，就让指挥使颜义领兵前去。
王著则拿着假的皇太子旨意去见阿合马，说是皇太子命令中书省官员都到东宫见驾，阿合马虽然也疑惑，但是现在皇帝为了治疗身体疾病，和尚、道士、巫师的都轮班进宫做法，现在太子主持佛事为皇帝祈福，也是人之常情，倒也没让他多想。
来到东宫，王著亲自上前提阿合马牵马，趁着阿合马下马之际，拿出早已准备好的铜锤，一下子爆头，一代贪官就这么戏剧性的死掉了。这件事也从侧面反映出，忽必烈后期朝堂上的倾轧问题之严重了，江湖豪侠竟然都敢公然刺杀朝廷大臣，更要命的是竟然没人发现。
王著英勇的为民除害之后，并没有拒捕，临行前，他高声大喊：“王著为天下除掉一害，今天死后，他日必会有人为我撰写此事。”不得不说，这是真豪杰。
消息传到上都，忽必烈大怒，命令枢密副使孛罗、司徒和礼霍弥、参政阿里等赶回大都，讨伐作乱之人，很快高和尚等人就被抓捕归案，和王著一起被处死了。
事情的始末很快由司徒和礼霍弥审理清楚，上报忽必烈，他向忽必烈汇报案情时，也详细报告了阿合马的累累罪行，忽必烈听后大惊，下令查抄阿合马家。
查抄出的金银财宝无数，更有两张完整的人皮，据他家人交代是专门弄诅咒用的，阿合马累累罪行罄竹难书，忽必烈大怒说：“王著把他杀了，的确是对的。”而后下令诛杀其子侄，阿合马开棺戮尸，皮肉任街头野狗啃食。
这件事之后，忽必烈熏酒的毛病越来越重，再加上高脂肪不健康饮食，他吃成了个大胖子，如此各种疾病就更多了。
1287年持续多年的海都之乱更是从身心上将忽必烈打入了深渊。
这事儿说起来比较复杂，牵扯到了老一辈的恩怨，本来成吉思汗去世之后，窝阔台继承了大汗位，拖雷监国，哥儿俩后期也多有嫌隙，再加上窝阔台系的子孙不争气，在贵由死后把汗位继承权给丢了，被谁抢走了呢？拖雷家哥儿仨（蒙哥、忽必烈、阿里不哥），这哥儿仨轮流坐庄之后，就把窝阔台一系的人马安排到一个叫海牙里的地方放牛去了。
去放牛吧，心中还不服气，于是其后代海都支持并参与了阿里不哥和忽必烈的汗位之争，最后阿里不哥失败，海都仍然不甘心，一直企图重登汗位。
海都之前与元朝的战争是打打停停，到了1287年，他联合乃颜袭击并占领了和林（召开库里台大会的地方），这让忽必烈大惊，第二年忽必烈不顾年事已高，亲自带着大军应战，这次上战场的还有未来的元朝第二位皇帝铁穆尔。
作战中，海都充分发挥了蒙古骑兵行动迅速的优势，虽然兵力不如忽必烈，但是采用游骑兵的打法，双方你来我往、打打停停，又打了许多年一直没分出个胜负，这让忽必烈不胜其烦，身心俱疲，但是岭北之地又是祖宗龙兴之地，不能不守。
终于在1294年，忽必烈也没能彻底平定海都之乱，带着遗憾、孤独、伤心走到了他生命的终点，他的去世也预示着一个时代的终结。
元朝是一个短命王朝，但是忽必烈作为开创者，不失为一位雄才大略的君王，明太祖对他的评价是：昔中国大宋皇帝主天下三百一十余年，后其子孙不能敬天爱民，故天生元朝太祖皇帝，起于漠北，凡达达、回回、诸番君长尽平定之，太祖之孙以仁德著称，为世祖皇帝，混一天下，九夷八蛮、海外藩国归于一统，百年之间，其恩德孰不思慕，号令孰不畏惧，是时四方无虞，民康物阜。